Aunque Francisco no pudo ver satisfecho su ardiente deseo de visitar los Santos Lugares, muy pronto la Orden Franciscana se hace presente en Tierra Santa, intentando vivir desde estas actitudes de minoridad, su presencia. La presencia franciscana en Tierra Santa se ha mantenido hasta hoy.

La Custodia de Tierra Santa en la actualidad, es una provincia autónoma internacional de la Orden franciscana que comprende Israel, Jordania, Egipto, Siria, Líbano, Chipre, Rodas (Grecia) y Estambul (Turquía). En ella están comprometidos más de 300 frailes franciscanos de 32 nacionalidades diferentes, junto a un centenar de religiosas de diversas congregaciones femeninas franciscanas.

La Custodia se encarga en la actualidad de mantener 74 lugares santos, entre los cuales podemos destacar el Santo Sepulcro de Jerusalén, Belén y Nazaret.  Además, el MINISTERIO PASTORAL se despliega en 29 parroquias; 9 en Israel, 4 en Egipto, 8 en Siria, 2 en el Líbano, 3 en Chipre, 2 en Rodas y una en Roma, además de 60 iglesias y 43 capillas.

En los santuarios compartidos y en la pastoral, vivimos el ECUMENISMO real y cotidiano mediante las relaciones, cada día más cordiales, con los cristianos de otras confesiones; y, a nivel interreligioso, con musulmanes y judíos.

En el ámbito de este ministerio pastoral están integradas diversas OBRAS DE CARÁCTER SOCIAL, como son: 16 colegios, 5 casas de estudiantes, 4 secciones artesanales, 18 círculos parroquiales, 2 residencias de ancianos, 4 orfanatos, 7 centros de actividad extraescolar o complementaria, 8 talleres de integración laboral de la mujer, 7 colonias de verano, 3 ambulatorios médicos y un centro de poliomelíticos.

Destacar la labor de educación e integración que realizan los 16 centros educativos dependientes de La Custodia, donde alumnos cristianos de diversas confesiones y musulmanes, reciben unos estudios que de otra forma no podrían costear, y que intentan formar en el espíritu de tolerancia, respeto y diálogo tan necesario en esta zona del mundo.

También es importante la ACCIÓN CULTURAL de la Custodia cuya imagen más acabada es la actividad docente e investigadora respecto a la Sagrada Escritura, que realiza el Studium Biblicum Franciscanum de Jerusalén.