El origen del pesebre encuentra confirmación ante todo en algunos detalles evangélicos del nacimiento de Jesús en Belén.

(…) Nos trasladamos con la mente a Greccio; allí san Francisco se detuvo viniendo probablemente de Roma, donde el 29 de noviembre de 1223 había recibido del Papa Honorio III la confirmación de su Regla. Después de su viaje a Tierra Santa, aquellas grutas le recordaban de manera especial el paisaje de Belén. Y es posible que el Poverello quedase impresionado en Roma, por los mosaicos de la Basílica de Santa María la Mayor que representan el nacimiento de Jesús, justo al lado del lugar donde se conservaban, según una antigua tradición, las tablas del pesebre.

Las Fuentes Franciscanas narran en detalle lo que sucedió en Greccio. Quince días antes de la Navidad, Francisco llamó a un hombre del lugar, de nombre Juan, y le pidió que lo ayudara a cumplir un deseo: «Deseo celebrar la memoria del Niño que nació en Belén y quiero contemplar de alguna manera con mis ojos lo que sufrió en su invalidez de niño, cómo fue reclinado en el pesebre y cómo fue colocado sobre heno entre el buey y el asno». Tan pronto como lo escuchó, ese hombre bueno y fiel fue rápidamente y preparó en el lugar señalado lo que el santo le había indicado. El 25 de diciembre, llegaron a Greccio muchos frailes de distintos lugares, como también hombres y mujeres de las granjas de la comarca, trayendo flores y antorchas para iluminar aquella noche santa. Cuando llegó Francisco, encontró el pesebre con el heno, el buey y el asno. Las personas que llegaron mostraron frente a la escena de la Navidad una alegría indescriptible, como nunca antes habían experimentado. Después el sacerdote, ante el Nacimiento, celebró solemnemente la Eucaristía, mostrando el vínculo entre la encarnación del Hijo de Dios y la Eucaristía. En aquella ocasión, en Greccio, no había figuras: el belén fue realizado y vivido por todos los presentes.

Así nace nuestra tradición: todos alrededor de la gruta y llenos de alegría, sin distancia alguna entre el acontecimiento que se cumple y cuantos participan en el misterio.

El primer biógrafo de san Francisco, Tomás de Celano, recuerda que esa noche, se añadió a la escena simple y conmovedora el don de una visión maravillosa: uno de los presentes vio acostado en el pesebre al mismo Niño Jesús. De aquel belén de la Navidad de 1223, «todos regresaron a sus casas colmados de alegría». (Cta Apostólica «Admirabile signum», Papa Francisco)