La noche del miércoles de ceniza pasó Francisco en una barquilla a la Isla del lago de Perusa para ayunar la Cuaresma (Flor 1 Parte 6).

Dijo Francisco: “Yo creo firmemente que es voluntad de Dios que pasemos (la Cuaresma de San Miguel) sobre el Monte Alverna” (Flor sobre las llagas 1). San Francisco intentaba pasar a solas la Cuaresma de San Miguel. Comenzó la santa Cuaresma con muy rigurosa abstinencia y austeridad. “Con la ayuda de Dios pienso hacer aquí (Monte Alverna) esta Cuaresma sin ningún ruido ni distracción de ánimo”.

Terminada la Cuaresma de San Miguel, vuelve a la Porciuncula.

“Vosotros creéis que soy un hombre santo y por eso venís con devoción. Pues sabedlo: toda la presente Cuaresma he tomado alimentos condimentados con grasa” (2C.131). Esto lo dice cuando la Regla prescribe el ayuno desde Todos los Santos hasta Navidad. Es la Cuaresma llamada de San Martín (LP 81) o de Adviento.

En un montecillo, el siervo de Dios fabricó se reducida celda, donde por espacio de 40 días hizo penitencia con inusitado rigor (2C. 169).

Se consagraba a continuos ayunos, oraciones y alabanzas al Señor…durante 40 días continuos, esto es, todo el tiempo que Cristo estuvo en el desierto (Buenaventura 9,2). Pasados 40 días en aquella soledad (Alvema) bajó del monte el seráfico Padre llevando en si mismo la efigie del crucifijo…impresa por el dedo del Dios vivo (2C. 135).